Лимфоидные клетки, с которыми связаны все иммунные механизмы, появляются, созревают и функционируют в определенных органах. Органы иммунной системы разделяют на два типа: первичные (центральные) и вторичные (периферические). В центральных органах созревание лимфоцитов происходит без влияния антигенов. К ним относится вилочковая железа (тимус, зобная железа) и сумка Фабрициуса - у животных; у человека роль сумки Фабрициуса выполняет костный мозг, который поставляет стволовые клетки - предшественники лимфоцитов. Оба центральных органа иммунной системы являются местами дифференцировки определенных популяций лимфоцитов.

Периферическими лимфоидными органами следует считать: селезенку, лимфатические узлы, миндалины. Периферические органы иммунной системы заселяются Т- и В-лимфоцитами из центральных органов, при этом каждая популяция лимфоцитов мигрирует в определенную область периферических органов, которые называются тимусзависимыми и тимуснезависимыми зонами.

Вилочковая железа (тимус, зобная железа) развивается из третьего и четвертого глоточных карманов. У человека органопоэз вилочковой железы заканчивается уже в период внутриутробного развития, после 20-й недели внутриутробного развития она окончательно формируется как орган. Вилочковая железа состоит из множества мелких долек, в каждой из которых можно различить корковый и мозговой слои. Практически все лимфоциты находятся в корковом слое, густо заполняя его. Оба слоя пронизаны кровеносными сосудами. Лимфоциты в корковом слое имеют разные размеры. Большие лимфоциты находятся во внешней зоне коры, куда приходят и стволовые клетки, здесь происходит процесс пролиферации, о чем свидетельствует высокая митотическая активность клеток в этой зоне.

В мозговом слое содержится небольшое количество лимфоцитов, преимущественно это зрелые тимусзависимые лимфоциты, они должны покинуть вилочковую железу и включиться в циркуляцию. В вилочковой железе существует барьер между циркулирующей кровью и корковым слоем, вследствие этого в контакт с антигеном вступают только клетки мозгового слоя.
Возрастная инволюция железы начинается в период полового созревания. Атрофия этого органа начинается с корковой зоны с зарастания паренхимы жировой тканью, хотя активность в паренхимальных островках сохраняется до глубокой старости.

Костный мозг не является непосредственным лимфоидным органом иммунной системы, но его следует рассматривать как орган иммунной системы. В костном мозге протекают специфические иммунные реакции, например, реакции, связанные с синтезом антител (иммуноглобулинов). Гемопоэз у человека начинается на 10-й неделе внутриутробного развития, примерно через 4,5 месяца достигается его максимальная активность; гемопоэз в костном мозге охватывает все типы клеток, циркулирующие в крови. Наряду с уже сформировавшимися клетками в костном мозге можно встретить клетки-предшественники эритроцитов, гранулоцитов, моноцитов, лимфоцитов.

Селезенка играет важную роль и как фильтрующий орган, она улавливает циркулирующие в крови частицы и обломки клеток. Заселение ее лимфоцитами происходит в позднем эмбриональном периоде и после рождения ребенка. Лимфоциты являются предшественниками белой пульпы селезенки с характерным расположением лимфоидных клеток и артериальных сосудов. Красная пульпа селезенки состоит из венозных сосудов и синусов, здесь находится большое количество клеточных элементов - макрофагов, лимфоцитов, эритроцитов, гранулоцитов, состав которых зависит от функционального состояния селезенки.
Иммунные реакции, происходящие в организме, приводят к существенным морфологическим изменениям в селезенке. Изменения происходят как в тимусзависимой зоне (образование лимфобластов), так и в тимуснезависимой зоне (образование плазматических клеток, пролиферация лимфоцитов).

Лимфатические узлы расположены вдоль лимфатических протоков шарообразной и/или почковидной формы. Состоят из паренхимы, содержащей лимфоциты. Лимфатические узлы связаны как с лимфатическими протоками, так и системой кровообращения. Паренхима лимфатических узлов состоит из большого количества клеток: лимфоцитов, плазматических клеток, макрофагов. Также в лимфатическом узле различают корковый и мозговой слои. В паренхиме мозгового слоя находятся различные типы клеток (макрофаги, лимфоциты, плазматические клетки), мигрирующие в лимфатические сосуды.
Тимусзависимой зоной лимфатического узла является паракортикальная зона. Пролиферация Т-клеток продолжается несколько дней, при этом объем паракортикальной зоны увеличивается, мозговой слой сжимается, антиген быстро накапливается на ретикулярных клетках лимфоидного фолликула и индуцирует пролиферацию в зародышевых центрах. Через несколько дней начинается миграция плазматических клеток из корковой зоны в мозговую.